يشكل برنامج التعليم محوراً رئيسياً في جميع نشاطات المتحف، إذ يوفر فرصاً تعليميةً متنوعة،إضافة إلى برنامج الفن للمدارس الموجه لطلبة المدارس ومعلمي الفنون. كما يقدم موقع الجاليري الإفتراضي مكتبة الكترونية حول الفن الفلسطيني. إعتمد المتحف منذ عام ٢٠١٠ آلية تصميم للنشاطات التعلمية والمعرفية اعتمدت على برنامج المعارض السنوي بحيث يشارك الطلبة في المعارض بتوظيف معارفهم و إختصاصاتهم المتعددة وتطوير مهاراتهم المهنية. وذلك من خلال تدريس مساق" الفن الفلسطيني المعاصر" لطلبة البكالوريوس، وتحويل المعارض إلى مواضيع بحثية و مواد لمشاريع تخرج، بالإضافة إلى توفير فرص للتطوع والعمل والتدريب في مجالات مختلفة ضمن برنامج "بصر" .
يعمل المتحف من خلال هذه البرامج على خدمة طلبة الجامعات والمدارس من خلال ثلاثة محاور: المساقات الجامعية " حكمة" ، الفن للمدارس" نظر"، و برنامج التدريب " بصر"